Drei Naturschutzgebiete machen den Ammersee zu einem der sieben wichtigsten Feuchtgebiete Bayerns, das auch von internationaler Bedeutung ist. Das Naturschutzgebiet „Seeholz“ im Westen des Sees beherbergt einen sehr alten Laubwald mit Eichen, die teilweise über 350 Jahre alt sind. In den ausgedehnten Schilfbeständen der „Vogelfreistätte Ammersee-Südufer“ haben sich bedrohte Vogelarten wie der Purpurreiher angesiedelt. Wer mit aufmerksamen Augen durch die Natur streift, kann auch im Norden des Ammersees seltene Vögel erspähen. Etwa 200 verschiedene Vogelarten sind im Naturschutzgebiet „Ampermoos“ heimisch.